Sveučilište u Zagrebu važan je partner udruge ZIP u razvoju programske djelatnosti. Udruga i Sveučilište dogovorili su programsku suradnju posvećenu inkubacijskim i obrazovnim aktivnostima usmjerenim startup projektima, a s posebnim naglaskom na studente, znanstvenike i općenito članove akademske zajednice. Nositelj ove suradnje sa strane Sveučilišta je Centar za istraživanje, razvoj i transfer tehnologije (CIRTT).

Poznato je da se najjači tehnološki centri u svijetu razvijaju u uskoj suradnji sa fakultetima i sveučilištima, osobito onima usmjerenim prema tehnologiji. Takav trend jasno je vidljiv i u Silicijskoj dolini, gdje su neke od danas najjačih kompanija nastale na temelju istraživačkih aktivnosti studenata i profesora sveučilišta Stanford – među njima su i Cisco, Google, Yahoo, Sun Microsystems i Hewlett Packard. Istraživanja pokazuju da je čak 6,000 kompanija nastalo kao rezultat rada Stanfordovih studenata i profesora. Sličnu ulogu za vrlo jaki tehnološki ekosustav u Bostonu ima MIT.

Programska suradnja se odvija u zgradi Sveučilišta, na lokaciji Zvonimirova 8, gdje će se odvijati inkubacijski programi i školovanje. U ovom prostoru boravit će stalni i povremeni članovi ZIP-a, a organizirati će se i niz događanja s ciljem školovanja, ali i okupljanja i jačanja startup ekosustava Zagreba, Hrvatske i regije. ZIP će u suradnji sa Sveučilištem dio aktivnosti posebno posvetiti promoviranju startup kulture i poduzetništva među studentima i profesorima pojedinih fakulteta, sastavnica Sveučilišta u Zagrebu.